Pada tahun 2006 MoU pengelolaan Kebun Raya Baturraden ditindaklanjuti dengan penandatanganan Naskah Perjanjian Kerjasama. Dalam rangka efektifitas pengelolaan, maka pada tahun 2007 Pemerintah Provinsi Jawa Tengah mengajukan permohonan kepada Menteri Kehutanan untuk dapat diberikan ijin pengelolaan kawasan Kebun Raya Baturraden. Atas dasar permohonan tersebut Menteri Kehutanan telah memberikan persetujuan atas pengelolaan Kebun Raya Baturraden kepada Pemerintah Provinsi Jawa Tengah melalui Surat No. S.273/Menhut-IV/2007 tanggal 30 April 2007.