Pembangunan Kebun Raya Baturraden berawal dari gagasan Ibu Megawati Soekarno Putri pada acara Penutupan Jambore Nasional Tahun 2001 di Baturraden. Pada Tahun 2002 gagasan ini ditindaklanjuti oleh Pemerintah Provinsi Jawa Tengah dengan membentuk Tim Khusus untuk merintis pembangunan Kebun Raya Baturraden dan membuat studi kelayakan.  Atas fasilitasi dari Kebun Raya Bogor sejak tahun 2002 telah dimulai ekplorasi dan pengiriman bibit dari Kebun Raya Bogor.

Dari usulan yang disampaikan oleh Gubernur Jawa Tengah kepada Menteri Kehutanan, maka keluarlah SK Menteri Kehutanan No. SK.117/Menhut-II/2004 tgl 19 April 2004 tentang Penunjukan kawasan Hutan Produksi Terbatas seluas 150 Ha di Kab. Banyumas, Prov. Jateng sebagai Kawasan Hutan Dengan Tujuan Khusus (KHDTK) untuk hutan penelitian dan pengembangan serta pendidikan lingkungan dalam bentuk Kebun Raya Baturraden.