Kebun Raya Baturraden terletak di Desa Kemutug Lor, Kec. Baturraden, Kab. Banyumas dan berada + 14 Km dari Kota Purwokerto, + 1,5 km dari gerbang utama Wana Wisata Baturraden. Kebun Raya Baturraden berada di kaki Gunung Slamet Petak 1 dan 3 dan dibatasi sebelah utara Petak 4 dan 5 hutan produksi terbatas, sebalah barat petak 2 hutan produksi terbatas, sebelah selatan petak 1 lokawisata Baturaden dan Bumi Perkemahan, sebelah timur petak 6 hutan produksi terbatas.
Kebun Raya Baturraden memiliki topografi mulai landai sampai dengan berbukit dengan kemiringan 20% s/d 70% dan ketinggian sekitar 600-750 m dpl dengan jenis tanah umumnya jenis latosol berwarna merah kecoklatan. Keadaan suhu Kebun Raya Baturaden berkisar antara 20-30 derajat Celcius dengan curah hujan sangat tinggi (5.000-6.174 mm/tahun)