Kondisi topografi secara umum bergelombang sampai dengan berbukit. Secara geologi kawasan Kebun Raya berjenis tanah latosol merah coklat dengan porositas yang cukup tinggi.
Kondisi iklim di Kebun Raya Baturraden memilki karakteristik jumlah bulan basah lebih dari 8 bulan dan masuk katagori tipe iklim A (Schmidt-Fergusson).